ได้รายงานกราบทูลเสนอความเห็นต่อสมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรส เมื่อคราวเสด็จตรวจการคณะสงฆ์ในมณฑลอยุธยาว่า วัดรวกมีโบสถ์ ส่วนวัดเสาธงทองมีวิหารสมควรจะรวมเป็นวัดเดียวกัน ทรงดำริเห็นชอบให้รวมกันและให้เรียกชื่อว่า  วัดเสาธงทอง เป็ฯวัดเก่าแก่ตั้งแต่ครั้งโบราณซึ่งกรมพระยาดำรงราชานุภาพทรงสันนิษฐานว่า พระวิหารหลวงและพระประธานเป็นฝีมือช่างแบบ สมัยกรุงศรีอยุธยา อย่างน้อยคงสร้างมาตั้งแต่สมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราช วัดเสาธงทองตั้งอยู่บนเนินดินที่สูงกว่าที่อื่นๆ และตั้งอยู่ใจกลางเมืองลพบุรี มีเนื้อที่ประมาณ 15ไร่ 1 งาน โดยรอบวัดมีถนนเข้าวัดทั้งสี่ด้าน

    วัดนี้มีโบราณสถานที่ควรชม คือ พระวิหารซึ่งเดิมคงสร้างขึ้นเพื่อเป็นศาสนสถานของศาสนาอื่นเพราะจากแผนที่ของช่างชาวฝรั่งเศส   ทำไว้ ระบุว่า พื้นที่บริเวณนั้นเป็นที่พำนักของราชทูตชาวเปอร์เซีย พระวิหารหลังนี้อาจเป็นที่ประกอบพิธีทางศาสนาอิสลามของชาวเปอร์เซียก็เป็นได้ นอกจากนี้ ก็มีตึกปิจู ตึกคชสาร หรือตึกโคโรซาน เป็นตึกเก่าสันนิษฐานว่าใช้เป็นที่พำนักของแขกเมือง และราชทูตต่างประเทศชาวเปอร์เซีย โดยตึกปิจู มาจากภาษาฝรั่งเศส แปลว่า เล็ก ซึ่งอาจเป็นที่อาศัยของชาวฝรั่งเศสที่มารับราชการ ส่วนตึกโคโรซาน เป็นชื่อเมืองสำคัญเมืองหนึ่งของเปอร์เซีย ซึ่งสันนิษฐานว่าเป็นตึกที่ใช้รับรองชาวเปอร์เซียที่มาพำนัก กรมศิลปากรประกาศขึ้นทะเบียนเป็นโบราณสถานเมื่อวันที่ 2 สิงหาคม พ.ศ. 2479

​

วิหารหลวง

พระวิหารวัดเสาธงทอง เป็นวิหารที่สร้างมาตั้งแต่สมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราช แห่งกรุงศรีอยุธยา เป็นวิหารที่มีขนาดใหญ่ศิลปะอยุธยา เป็นที่ประดิษฐานหลวงพ่อโต เป็นพระพุทธรูปปางมารวิชัย ขนาดหน้าตักกว้าง 3 วา สูง 4 วา 2 ศอก ถือเป็นพระพุทธรูปที่ศักดิ์สิทธ์คู่บ้านคู่เมืองลพบุรีมาช้านาน บริเวณของผนังพระวิหารเจาะเป็นช่อง ซุ้มโค้ง ประดิษฐานพระพุทธรูปลักษณะต่างๆ ส่วนพระประธานในพระอุโบสถเป็นพระพุทธรูปทรงเครื่องปางห้ามสมุทร

​

พระเจดีย์

ตั้งอยู่ระหว่างพระวิหารหลวงกับศาลาการเปรียญ มีมาแต่ครั้งโบราณ เป็นเจดีย์ก่ออิฐถือปูนฐาน 8 เหลี่ยม กว้าง 9 วา สูง 17 วา ตรงกลางเหนือฐานขึ้นไปมีซุ้มประดิษฐานพระพุทธรูปซุ้มละ องค์ 8 ซุ้ม เหนือขึ้นไปเป็นทรงลังกา